Postupak i uslovi za upis kandidata, registraciju predmeta i ispita, kao i druga pitanja koja se odnose na doktorski studij, su detaljnije utvrđena Pravilima studiranja za doktorski studij na IUS-u.

Student trećeg ciklusa studija inicira imenovanje mentora za izradu doktorske disertacije iz grupe nastavnika sa Univerziteta (docenti, vanredni profesori, redovni profesori i profesori emeritus), i to nosioce kvalifikacije doktora nauka za naučne oblasti. U izuzetnim slučajevima, mentor ili komentor može biti nosilac kvalifikacije doktora nauka izvan Univerziteta, sa aktuelnim ili akademskim imenovanjem koje je isteklo, pod uslovom da student podnese saglasnost od strane predloženog mentora i dokaz o podobnosti istog za mentorstvo.

Za studente doktorskog studija u umjetničkim oblastima, mentor može biti izvan Univerziteta nosilac kvalifikacije magistra, sa aktuelnim ili akademskim imenovanjem koje je isteklo, pod uslovom da student podnese pismo saglasnosti od strane predloženog mentora i dokaz o podobnosti istog za mentorstvo.